mjo/cone/symmetric_pd: add inverse_symmetric_pd() function.

mjo/cone/symmetric_pd: new module for symmetric positive-definite matrices.

mjo/cone/symmetric_psd: add missing set_random_seed() calls.

mjo/cone/symmetric_psd: don't use recusion; work on trivial matrices.

mjo/cone: improve docstrings the the rearrangement and schur cones.

mjo/cone: rename random_psd() to random_symmetric_psd().

cone/trivial_cone.py: add the trivial_cone() function.

cone/rearrangement.py: simplify the implementation.

Use matrix tricks instead of a local function to construct the
generators.

cone/rearrangement.py: add a "lattice" argument.

cone/rearrangement.py: fix the test for propriety.

We had a test for the rearrangement cone being proper, but it
incorrectly tested the p=0 case. Now that we're sanity-checking p,
that test was throwing a ValueError. Fix it to use p >= 1.

cone/rearrangement.py: add a few more tests.

Add a few more tests to the rearrangement_cone() function. In
particular, delete the has_rearrangement_property() function since it
only served to test the rearrangement cone. The property tests were
moved into the cone doctests.

The cone constructor now also checks that "p" is within bounds, and
throws a ValueError if not. There are tests for this too.

cone/rearrangement.py: add some preliminary references.

cone/schur.py: add "lattice" argument.

cone/nonnegative_orthant.py: add a word to the docs.

cone/nonnegative_orthant.py: add "lattice" argument.

cone/schur.py: add a test for the dual of the Schur cone.

cone/symmetric_psd.py: use two more generator expressions.

cone/symmetric_psd.py: use a generator expression in unit_eigenvectors().

cone/cone.py: use generator expressions instead of lists.

orthogonal_polynomials.py: use generator expressions where applicable.

orthogonal_polynomials.py: use xrange everywhere.

matrix_vector.py: use xrange everywhere.

mjo/interpolation.py: partial conversion to generator expressions.

mjo/interpolation.py: use xrange everywhere.

cone/schur.py: use xrange in one place.

cone/rearrangement.py: use xrange everywhere.

cone/doubly_nonnegative.py: use xrange in two places.

cone/doubly_nonnegative.py: use generator expressions in two places.

cone/faces.py: use xrange in two places.

cone/permutation_invariant.py: use xrange in two places.

symbol_sequence.py: allow _flatten_list_ to work on an iterable.

symbol_sequence.py: use xrange where applicable.

symbol_sequence.py: use generator expressions where applicable.

cone/rearrangement.py: use generator expressions where applicable.

cone/permutation_invariant.py: add test for the nonnegative orthant.

cone/permutation_invariant.py: use generator expressions where applicable.

cone/schur.py: use generator expressions where applicable.

cone/faces.py: use generator expressions where applicable.

cone/schur.py: test that the schur cone induces the majorization ordering.

cone/schur.py: clean up and add some tests.

mjo/cone: add the nonnegative_orthant module.

cone/faces.py: add the missing HilgertHofmannLawson reference that I cited.

cone/faces.py: test that dual-face-of-dual-face is a no-op.

cone/faces.py: test the relationship between dual_face and face_generated_by.

cone/faces.py: add preliminary dual_face() operation.

cone/faces.py: add test for Proposition 3.1 and Corollary 3.9 in Tam.

cone/faces.py: test a lattice join property of face_generated_by().

cone/faces.py: add a relative interior test for face_generated_by().

cone/faces.py: remove a misleading comment.

cone/faces.py: update the wording of two tests.

README: update comments on the test suite.

Kill unnecessary sitedir mangling.

At some point in the past, mangling the sitedir made the test suite
work. Now it doesn't, and we have to do something else. So clean up
the sitedir stuff.

Add the new mjo.cone.faces module with the face_generated_by() function.

makefile: add a "make check" target to run the tests properly.

We need to utter magic words to get the test suite to work, so I've
encoded them in a "make check" target for future reference.

mjo/cone/symmetric_psd.py: fix tests with PYTHONPATH="."

mjo/cone/rearrangement.py: fix tests with PYTHONPATH="."

mjo/cone/permutation_invariant.py: fix tests with PYTHONPATH="."

mjo/cone/doubly_nonnegative.py: fix tests with PYTHONPATH="."

mjo/cone/completely_positive.py: fix tests to work with PYTHONPATH="."

mjo/symbol_sequence.py: fix tests to work with PYTHONPATH="."

mjo/orthogonal_polynomials.py: fix tests to work with PYTHONPATH="."

mjo/matrix_vector.py: make tests work with PYTHONPATH="."

mjo/interpolation.py: allow tests to run with PYTHONPATH=".".

Remove all of the is_foo_on() functions to a sage branch.

Add polynomial ring examples for is_positive_on.

Add another test and an implementation comment for is_lyapunov_like_on.

Add SEEALSO blocks and inexact ring error tests.

Add tests for the "K must be a Cone" TypeError.

Clarify the docstrings for the is_foo_on functions.

Clean up some of the is_foo_on doctests.

Fix the is_positive_on test and give better examples.

Add work-in-progress code for the Schur cone (from David Sossa's work).

Add positive/Z tests and update code for upstream changes.

Add an is_cross_positive() function and implement is_lyapunov_like() using it.

Remove the Pi/Z stuff for inclusion into sage.

Remove references to my unfinished paper.

Implement Z-operators in terms of cross-positive ones.

Add a test for my construction of LL(pi(K,H)).

Begin working on a two-cone pi(K1,K2).

Add LL_cone() convenience function.

Change "Z-transformation" to "Z-operator".

Add a comment to is_lyapunov_like().

Only check=False when K is proper (can't prove it otherwise).

Remove the motzkin_decomposition() method, now Trac #19867.

Add a note about the nonstandard name "Motzkin decomposition."

Add tests for the dual/adjoint relationship of pi/Z.

Add tests for permutation/conjugation of cones/transformations.

Clean up some notation in tests.

Add tests for the dimension of the Z-transformation cone.

Add some more Z_transformation_gens examples.

Don't check the cones constructed in motzkin_decomposition().

Add another test for motzkin_decomposition().

Don't check the pi/Z cone for when K is solid or pointed.

Use check=False when constructing pi/Z cones.

Use max_ambient_dim=4 for the pi/Z stuff, things get too slow at n=5.

Give an example where check=True is necessary for the pi/Z cones.

Remove some unused junk from the top of rearrangement.py.

Add some lineality examples, remove one dimension one covered elsewhere.

Add more examples for the positive operators.

Add tests for Corollary 2 in the paper (lineality of pi-star).