README: update comments on the test suite.

Kill unnecessary sitedir mangling.

At some point in the past, mangling the sitedir made the test suite
work. Now it doesn't, and we have to do something else. So clean up
the sitedir stuff.

Add the new mjo.cone.faces module with the face_generated_by() function.

makefile: add a "make check" target to run the tests properly.

We need to utter magic words to get the test suite to work, so I've
encoded them in a "make check" target for future reference.

mjo/cone/symmetric_psd.py: fix tests with PYTHONPATH="."

mjo/cone/rearrangement.py: fix tests with PYTHONPATH="."

mjo/cone/permutation_invariant.py: fix tests with PYTHONPATH="."

mjo/cone/doubly_nonnegative.py: fix tests with PYTHONPATH="."

mjo/cone/completely_positive.py: fix tests to work with PYTHONPATH="."

mjo/symbol_sequence.py: fix tests to work with PYTHONPATH="."

mjo/orthogonal_polynomials.py: fix tests to work with PYTHONPATH="."

mjo/matrix_vector.py: make tests work with PYTHONPATH="."

mjo/interpolation.py: allow tests to run with PYTHONPATH=".".

Remove all of the is_foo_on() functions to a sage branch.

Add polynomial ring examples for is_positive_on.

Add another test and an implementation comment for is_lyapunov_like_on.

Add SEEALSO blocks and inexact ring error tests.

Add tests for the "K must be a Cone" TypeError.

Clarify the docstrings for the is_foo_on functions.

Clean up some of the is_foo_on doctests.

Fix the is_positive_on test and give better examples.

Add work-in-progress code for the Schur cone (from David Sossa's work).

Add positive/Z tests and update code for upstream changes.

Add an is_cross_positive() function and implement is_lyapunov_like() using it.

Remove the Pi/Z stuff for inclusion into sage.

Remove references to my unfinished paper.

Implement Z-operators in terms of cross-positive ones.

Add a test for my construction of LL(pi(K,H)).

Begin working on a two-cone pi(K1,K2).

Add LL_cone() convenience function.

Change "Z-transformation" to "Z-operator".

Add a comment to is_lyapunov_like().

Only check=False when K is proper (can't prove it otherwise).

Remove the motzkin_decomposition() method, now Trac #19867.

Add a note about the nonstandard name "Motzkin decomposition."

Add tests for the dual/adjoint relationship of pi/Z.

Add tests for permutation/conjugation of cones/transformations.

Clean up some notation in tests.

Add tests for the dimension of the Z-transformation cone.

Add some more Z_transformation_gens examples.

Don't check the cones constructed in motzkin_decomposition().

Add another test for motzkin_decomposition().

Don't check the pi/Z cone for when K is solid or pointed.

Use check=False when constructing pi/Z cones.

Use max_ambient_dim=4 for the pi/Z stuff, things get too slow at n=5.

Give an example where check=True is necessary for the pi/Z cones.

Remove some unused junk from the top of rearrangement.py.

Add some lineality examples, remove one dimension one covered elsewhere.

Add more examples for the positive operators.

Add tests for Corollary 2 in the paper (lineality of pi-star).

Test the lineality space of the dual of the cone of positive operators.

Add more positive operator examples from the paper.

Remove the cone tests since they all belong to one paper (now in that repo).

Add some Proposition 3 tests for positive operators.

More minor tweaks to motzkin_decomposition().

More minor cleanup of motzkin_decomposition().

Cite Stoer & Witzgall for the Motzkin decomposition.

Remove random_element() for sage and start cleanup on motzkin_decomposition().

Rename pointed_decomposition() to motzkin_decomposition().

Add a description for the pointed_decomposition() doctest.

Very rough first implementation of pointed_decomposition().

More examples and a better implementation for random_element().

Remove whitespace around keyword arguments.

Don't import the nonexistent mjo.plot.

Fix a deprecated doctest.

Remove the 'symbolic' module, there's no real use for it anymore.

Add a test for the lineality spaces of Z/pi-star being equal.

Add a test for K.is_proper() <==> pi(K).is_proper().

Rename solid_quotient() to solid_restriction().

Add restrict_to_subspace function and use it to test the sage lyapunov_rank().

Add another test for the lineality space of Z(K) being LL(K).

Remove mjo/plot.py, merged in http://trac.sagemath.org/ticket/19485.

Add a test for the lineality of the cone of positive operators.

Add missing set_random_seed() to tests and fix my corollary.

Play around with positive operators and Z-transformations. Add a new test.

Clean up some imports and fix another test failure.

Fix deprecated zero_element().

Remove lyapunov_rank() for inclusion in Sage.

Cleanup on _restrict_to_space() tests and documentation.

Remove _basically_the_same from cone.py.

Move basically_the_same() into tests.py and call it _look_isomorphic().

Begin cleaning up lyapunov_rank().

Rename LL() to lyapunov_like_basis().

Update some tests still using LL(K).

Fix doctest in permutation_invariant.py.

Fix Z_transformations() implementation and tests.

Add Z_transformations() function.

Simplify implementation of positive_operators().

Remove function LL() for Sage proper.

Remove the discrete_complementarity_set() function (into Sage proper).

Add the positive_operators() function.

Shorten the docstring for LL(K).

Add the cone.permutation_invariant module.

Add the has_rearrangement_property() function for vectors.

Add the random_element() function for cones.

Add remaining examples/tests for rearrangement_cone.

Rearrange some import statements.

Add examples for the is_lyapunov_like() function.

Update usage of matrix_simplify_full (now part of Sage).

Remove matrix_simplify_full(), this was merged in trac #12162.