]> gitweb.michael.orlitzky.com - dunshire.git/commitdiff
Reorganize the test source code and doc building.
authorMichael Orlitzky <michael@orlitzky.com>
Sun, 16 Oct 2016 01:12:16 +0000 (21:12 -0400)
committerMichael Orlitzky <michael@orlitzky.com>
Sun, 16 Oct 2016 01:12:16 +0000 (21:12 -0400)
doc/source/conf.py
doc/source/index.rst
makefile
src/test/__init__.py [new file with mode: 0644]
src/test/suite.py [new file with mode: 0644]
src/test/symmetric_linear_game_test.py [moved from test/symmetric_linear_game_test.py with 71% similarity]
test/suite.py [deleted file]

index d6752551eabcdd8a8bc9d389b83bfe47a847b3fa..511b8210aa8e6fa4cbe465a1c107ac25de4f5a1d 100644 (file)
@@ -8,22 +8,18 @@ import shlex
 # add these directories to sys.path here. If the directory is relative to the
 # documentation root, use os.path.abspath to make it absolute, like shown here.
 sys.path.insert(0, os.path.abspath('../../src/'))
-sys.path.insert(0, os.path.abspath('../../src/dunshire'))
 
 # Add any Sphinx extension module names here, as strings. They can be
 # extensions coming with Sphinx (named 'sphinx.ext.*') or your custom
 # ones.
 extensions = [
     'sphinx.ext.autodoc',
-    'sphinx.ext.autosummary',
     'sphinx.ext.doctest',
     'sphinx.ext.mathjax',
     'sphinx.ext.napoleon',
     'sphinx.ext.viewcode',
 ]
 
-autosummary_generate = True
-
 # Don't automatically test every >>> block in the documentation. This
 # avoids testing the API docs as part of the documentation build,
 # which is exactly what we intend, because those are tested as part of
index 766c5b5a4abd15d41e076d077f21fdf6116c51bd..0716d13595596a65487fa80bc4939c63a4c7edc4 100644 (file)
@@ -7,11 +7,88 @@ Dunshire
 API Documentation
 -----------------
 
-.. autosummary::
-   :toctree: _autosummary
-
-   dunshire.cones
-   dunshire.errors
-   dunshire.options
-   dunshire.matrices
-   dunshire.games
+dunshire package
+================
+
+Submodules
+----------
+
+dunshire.cones module
+---------------------
+
+.. automodule:: dunshire.cones
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+dunshire.errors module
+----------------------
+
+.. automodule:: dunshire.errors
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+dunshire.games module
+---------------------
+
+.. automodule:: dunshire.games
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+dunshire.matrices module
+------------------------
+
+.. automodule:: dunshire.matrices
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+dunshire.options module
+-----------------------
+
+.. automodule:: dunshire.options
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+
+Module contents
+---------------
+
+.. automodule:: dunshire
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+test package
+============
+
+Submodules
+----------
+
+test.suite module
+-----------------
+
+.. automodule:: test.suite
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+test.symmetric_linear_game_test module
+--------------------------------------
+
+.. automodule:: test.symmetric_linear_game_test
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
+
+
+Module contents
+---------------
+
+.. automodule:: test
+    :members:
+    :undoc-members:
+    :show-inheritance:
index 511f2cc0fa17b948aeaca578c3331ad18c5b5502..e48e9a07212c0d09448c2a40cf4967da1586ded7 100644 (file)
--- a/makefile
+++ b/makefile
@@ -1,9 +1,9 @@
 PN := dunshire
 SRCDIR := src/$(PN)
+TESTDIR := src/test
 SRCS := $(SRCDIR)/*.py
 
 doc: $(SRCS) doc/source/conf.py doc/makefile
-       sphinx-apidoc -f -o doc/source $(SRCDIR)
        cd doc && $(MAKE) html
 
 .PHONY: doctest
@@ -12,7 +12,7 @@ doctest:
 
 .PHONY: check
 check:
-       python test/suite.py
+       PYTHONPATH=src python $(TESTDIR)/suite.py
 
 .PHONY: lint
 lint:
@@ -20,4 +20,4 @@ lint:
 
 .PHONY: clean
 clean:
-       rm -rf $(SRCDIR)/__pycache__ doc/build
+       rm -rf $(SRCDIR)/__pycache__ $(TESTDIR)/__pycache__ doc/build
diff --git a/src/test/__init__.py b/src/test/__init__.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c5fbe98
--- /dev/null
@@ -0,0 +1 @@
+# <3 git.
diff --git a/src/test/suite.py b/src/test/suite.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..078d0c9
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,29 @@
+"""
+The whole test suite.
+
+This module compiles the doctests and unittests from the rest of the
+codebase into one big TestSuite() and the runs it.
+"""
+
+from unittest import TestLoader, TestSuite, TextTestRunner
+from doctest import DocTestSuite
+
+# Add '../' to our path.
+from site import addsitedir
+addsitedir('./src')
+from dunshire import cones
+from dunshire import errors
+from dunshire import matrices
+from dunshire import games
+from test import symmetric_linear_game_test
+
+if __name__ == '__main__':
+    suite = TestSuite()
+    suite.addTest(DocTestSuite(cones))
+    suite.addTest(DocTestSuite(errors))
+    suite.addTest(DocTestSuite(matrices))
+    suite.addTest(DocTestSuite(games))
+    suite.addTest(DocTestSuite(symmetric_linear_game_test))
+    suite.addTest(TestLoader().loadTestsFromModule(symmetric_linear_game_test))
+    runner = TextTestRunner(verbosity=1)
+    runner.run(suite)
similarity index 71%
rename from test/symmetric_linear_game_test.py
rename to src/test/symmetric_linear_game_test.py
index 5adbb2ddd11942faf3c31354513b62ab6877e853..f6f397f8354b983407e8abb61bd8997ee19ea5e3 100644 (file)
@@ -10,42 +10,128 @@ from dunshire.matrices import (append_col, append_row, eigenvalues_re,
                                identity, inner_product)
 from dunshire import options
 
-def _random_matrix(dims):
+
+def random_matrix(dims):
     """
-    Generate a random square (``dims``-by-``dims``) matrix. This is used
-    only by the :class:`SymmetricLinearGameTest` class.
+    Generate a random square matrix.
+
+    Parameters
+    ----------
+
+    dims : int
+        The number of rows/columns you want in the returned matrix.
+
+    Returns
+    -------
+
+    matrix
+        A new matrix whose entries are random floats chosen uniformly from
+        the interval [-10, 10].
+
+    Examples
+    --------
+
+        >>> A = random_matrix(3)
+        >>> A.size
+        (3, 3)
+
     """
     return matrix([[uniform(-10, 10) for i in range(dims)]
                    for j in range(dims)])
 
-def _random_nonnegative_matrix(dims):
+
+def random_nonnegative_matrix(dims):
     """
-    Generate a random square (``dims``-by-``dims``) matrix with
-    nonnegative entries. This is used only by the
-    :class:`SymmetricLinearGameTest` class.
+    Generate a random square matrix with nonnegative entries.
+
+    Parameters
+    ----------
+
+    dims : int
+        The number of rows/columns you want in the returned matrix.
+
+    Returns
+    -------
+
+    matrix
+        A new matrix whose entries are random floats chosen uniformly from
+        the interval [0, 10].
+
+    Examples
+    --------
+
+        >>> A = random_nonnegative_matrix(3)
+        >>> A.size
+        (3, 3)
+        >>> all([entry >= 0 for entry in A])
+        True
+
     """
-    L = _random_matrix(dims)
+    L = random_matrix(dims)
     return matrix([abs(entry) for entry in L], (dims, dims))
 
-def _random_diagonal_matrix(dims):
+
+def random_diagonal_matrix(dims):
     """
-    Generate a random square (``dims``-by-``dims``) matrix with nonzero
-    entries only on the diagonal. This is used only by the
-    :class:`SymmetricLinearGameTest` class.
+    Generate a random square matrix with zero off-diagonal entries.
+
+    These matrices are Lyapunov-like on the nonnegative orthant, as is
+    fairly easy to see.
+
+    Parameters
+    ----------
+
+    dims : int
+        The number of rows/columns you want in the returned matrix.
+
+    Returns
+    -------
+
+    matrix
+        A new matrix whose diagonal entries are random floats chosen
+        uniformly from the interval [-10, 10] and whose off-diagonal
+        entries are zero.
+
+    Examples
+    --------
+
+        >>> A = random_diagonal_matrix(3)
+        >>> A.size
+        (3, 3)
+        >>> A[0,1] == A[0,2] == A[1,0] == A[2,0] == A[1,2] == A[2,1] == 0
+        True
+
     """
     return matrix([[uniform(-10, 10)*int(i == j) for i in range(dims)]
                    for j in range(dims)])
 
 
-def _random_skew_symmetric_matrix(dims):
+def random_skew_symmetric_matrix(dims):
     """
-    Generate a random skew-symmetrix (``dims``-by-``dims``) matrix.
+    Generate a random skew-symmetrix matrix.
+
+    Parameters
+    ----------
+
+    dims : int
+        The number of rows/columns you want in the returned matrix.
+
+    Returns
+    -------
+
+    matrix
+        A new skew-matrix whose strictly above-diagonal entries are
+        random floats chosen uniformly from the interval [-10, 10].
 
     Examples
     --------
 
+        >>> A = random_skew_symmetric_matrix(3)
+        >>> A.size
+        (3, 3)
+
         >>> from dunshire.matrices import norm
-        >>> A = _random_skew_symmetric_matrix(randint(1, 10))
+        >>> A = random_skew_symmetric_matrix(randint(1, 10))
         >>> norm(A + A.trans()) < options.ABS_TOL
         True
 
@@ -57,38 +143,78 @@ def _random_skew_symmetric_matrix(dims):
     return strict_ut - strict_ut.trans()
 
 
-def _random_lyapunov_like_icecream(dims):
-    """
-    Generate a random Lyapunov-like matrix over the ice-cream cone in
-    ``dims`` dimensions.
+def random_lyapunov_like_icecream(dims):
+    r"""
+    Generate a random matrix Lyapunov-like on the ice-cream cone.
+
+    The form of these matrices is cited in Gowda and Tao
+    [GowdaTao]_. The scalar ``a`` and the vector ``b`` (using their
+    notation) are easy to generate. The submatrix ``D`` is a little
+    trickier, but it can be found noticing that :math:`C + C^{T} = 0`
+    for a skew-symmetric matrix :math:`C` implying that :math:`C + C^{T}
+    + \left(2a\right)I = \left(2a\right)I`. Thus we can stick an
+    :math:`aI` with each of :math:`C,C^{T}` and let those be our
+    :math:`D,D^{T}`.
+
+    Parameters
+    ----------
+
+    dims : int
+        The dimension of the ice-cream cone (not of the matrix you want!)
+        on which the returned matrix should be Lyapunov-like.
+
+    Returns
+    -------
+
+    matrix
+        A new matrix, Lyapunov-like on the ice-cream cone in ``dims``
+        dimensions, whose free entries are random floats chosen uniformly
+        from the interval [-10, 10].
+
+    References
+    ----------
+
+    .. [GowdaTao] M. S. Gowda and J. Tao. On the bilinearity rank of a
+       proper cone and Lyapunov-like transformations. Mathematical
+       Programming, 147:155–170, 2014.
+
+    Examples
+    --------
+
+        >>> L = random_lyapunov_like_icecream(3)
+        >>> L.size
+        (3, 3)
+        >>> x = matrix([1,1,0])
+        >>> s = matrix([1,-1,0])
+        >>> abs(inner_product(L*x, s)) < options.ABS_TOL
+        True
+
     """
     a = matrix([uniform(-10, 10)], (1, 1))
     b = matrix([uniform(-10, 10) for idx in range(dims-1)], (dims-1, 1))
-    D = _random_skew_symmetric_matrix(dims-1) + a*identity(dims-1)
+    D = random_skew_symmetric_matrix(dims-1) + a*identity(dims-1)
     row1 = append_col(a, b.trans())
     row2 = append_col(b, D)
     return append_row(row1, row2)
 
 
-def _random_orthant_params():
+def random_orthant_params():
     """
     Generate the ``L``, ``K``, ``e1``, and ``e2`` parameters for a
-    random game over the nonnegative orthant. This is only used by
-    the :class:`SymmetricLinearGameTest` class.
+    random game over the nonnegative orthant.
     """
     ambient_dim = randint(1, 10)
     K = NonnegativeOrthant(ambient_dim)
     e1 = [uniform(0.5, 10) for idx in range(K.dimension())]
     e2 = [uniform(0.5, 10) for idx in range(K.dimension())]
-    L = _random_matrix(K.dimension())
+    L = random_matrix(K.dimension())
     return (L, K, matrix(e1), matrix(e2))
 
 
-def _random_icecream_params():
+def random_icecream_params():
     """
     Generate the ``L``, ``K``, ``e1``, and ``e2`` parameters for a
-    random game over the ice cream cone. This is only used by
-    the :class:`SymmetricLinearGameTest` class.
+    random game over the ice-cream cone.
     """
     # Use a minimum dimension of two to avoid divide-by-zero in
     # the fudge factor we make up later.
@@ -107,7 +233,7 @@ def _random_icecream_params():
     fudge_factor = 1.0 / (2.0*sqrt(K.dimension() - 1.0))
     e1 += [fudge_factor*uniform(0, 1) for idx in range(K.dimension() - 1)]
     e2 += [fudge_factor*uniform(0, 1) for idx in range(K.dimension() - 1)]
-    L = _random_matrix(K.dimension())
+    L = random_matrix(K.dimension())
 
     return (L, K, matrix(e1), matrix(e2))
 
@@ -158,7 +284,7 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         optimal solutions should give us the optimal game value when we
         apply the payoff operator to them.
         """
-        (L, K, e1, e2) = _random_orthant_params()
+        (L, K, e1, e2) = random_orthant_params()
         self.assert_solution_exists(L, K, e1, e2)
 
 
@@ -167,7 +293,7 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         Like :meth:`test_solution_exists_nonnegative_orthant`, except
         over the ice cream cone.
         """
-        (L, K, e1, e2) = _random_icecream_params()
+        (L, K, e1, e2) = random_icecream_params()
         self.assert_solution_exists(L, K, e1, e2)
 
 
@@ -203,7 +329,7 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         Test that scaling ``L`` by a nonnegative number scales the value
         of the game by the same number over the nonnegative orthant.
         """
-        (L, K, e1, e2) = _random_orthant_params()
+        (L, K, e1, e2) = random_orthant_params()
         self.assert_scaling_works(L, K, e1, e2)
 
 
@@ -212,7 +338,7 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         The same test as :meth:`test_nonnegative_scaling_orthant`,
         except over the ice cream cone.
         """
-        (L, K, e1, e2) = _random_icecream_params()
+        (L, K, e1, e2) = random_icecream_params()
         self.assert_scaling_works(L, K, e1, e2)
 
 
@@ -250,7 +376,7 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         """
         Test that translation works over the nonnegative orthant.
         """
-        (L, K, e1, e2) = _random_orthant_params()
+        (L, K, e1, e2) = random_orthant_params()
         self.assert_translation_works(L, K, e1, e2)
 
 
@@ -259,7 +385,7 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         The same as :meth:`test_translation_orthant`, except over the
         ice cream cone.
         """
-        (L, K, e1, e2) = _random_icecream_params()
+        (L, K, e1, e2) = random_icecream_params()
         self.assert_translation_works(L, K, e1, e2)
 
 
@@ -297,7 +423,7 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         Test the value of the "opposite" game over the nonnegative
         orthant.
         """
-        (L, K, e1, e2) = _random_orthant_params()
+        (L, K, e1, e2) = random_orthant_params()
         self.assert_opposite_game_works(L, K, e1, e2)
 
 
@@ -306,7 +432,7 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         Like :meth:`test_opposite_game_orthant`, except over the
         ice-cream cone.
         """
-        (L, K, e1, e2) = _random_icecream_params()
+        (L, K, e1, e2) = random_icecream_params()
         self.assert_opposite_game_works(L, K, e1, e2)
 
 
@@ -335,7 +461,7 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         Check the orthgonality relationships that hold for a solution
         over the nonnegative orthant.
         """
-        (L, K, e1, e2) = _random_orthant_params()
+        (L, K, e1, e2) = random_orthant_params()
         self.assert_orthogonality(L, K, e1, e2)
 
 
@@ -344,7 +470,7 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         Check the orthgonality relationships that hold for a solution
         over the ice-cream cone.
         """
-        (L, K, e1, e2) = _random_icecream_params()
+        (L, K, e1, e2) = random_icecream_params()
         self.assert_orthogonality(L, K, e1, e2)
 
 
@@ -356,8 +482,8 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         This test theoretically applies to the ice-cream cone as well,
         but we don't know how to make positive operators on that cone.
         """
-        (K, e1, e2) = _random_orthant_params()[1:]
-        L = _random_nonnegative_matrix(K.dimension())
+        (K, e1, e2) = random_orthant_params()[1:]
+        L = random_nonnegative_matrix(K.dimension())
 
         game = SymmetricLinearGame(L, K, e1, e2)
         self.assertTrue(game.solution().game_value() >= -options.ABS_TOL)
@@ -392,8 +518,8 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         """
         Test that a Lyapunov game on the nonnegative orthant works.
         """
-        (K, e1, e2) = _random_orthant_params()[1:]
-        L = _random_diagonal_matrix(K.dimension())
+        (K, e1, e2) = random_orthant_params()[1:]
+        L = random_diagonal_matrix(K.dimension())
 
         self.assert_lyapunov_works(L, K, e1, e2)
 
@@ -402,7 +528,7 @@ class SymmetricLinearGameTest(TestCase): # pylint: disable=R0904
         """
         Test that a Lyapunov game on the ice-cream cone works.
         """
-        (K, e1, e2) = _random_icecream_params()[1:]
-        L = _random_lyapunov_like_icecream(K.dimension())
+        (K, e1, e2) = random_icecream_params()[1:]
+        L = random_lyapunov_like_icecream(K.dimension())
 
         self.assert_lyapunov_works(L, K, e1, e2)
diff --git a/test/suite.py b/test/suite.py
deleted file mode 100644 (file)
index 4025647..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,28 +0,0 @@
-"""
-The whole test suite.
-
-This module compiles the doctests and unittests from the rest of the
-codebase into one big TestSuite() and the runs it.
-"""
-
-from unittest import TestLoader, TestSuite, TextTestRunner
-from doctest import DocTestSuite
-
-# Add '../' to our path.
-from site import addsitedir
-addsitedir('./src')
-from dunshire import cones
-from dunshire import errors
-from dunshire import matrices
-from dunshire import games
-import symmetric_linear_game_test
-
-suite = TestSuite()
-suite.addTest(DocTestSuite(cones))
-suite.addTest(DocTestSuite(errors))
-suite.addTest(DocTestSuite(matrices))
-suite.addTest(DocTestSuite(games))
-suite.addTest(DocTestSuite(symmetric_linear_game_test))
-suite.addTest(TestLoader().loadTestsFromModule(symmetric_linear_game_test))
-runner = TextTestRunner(verbosity=1)
-runner.run(suite)