GNUmakefile: run $(LATEX) one more time to fix the log

Even after we've found a fixed point, it looks like we need one more
run to convince LaTeX that the cross-references are right. Without
this, we consistently get hits on check-undefined.

GNUmakefile: fix log file path

(It's in the build directory now.)

{mjo-linear_algebra,examples}.tex: add the derivations Der(V) on V

mjo-linear_algebra.tex: add the general linear group to the glossary

{mjo-eja,examples}.tex: add the Jordan \spineja

mjo-font.tex: drop lmodern package

Is this still needed? I don't know. But it's now causing problems when
I try to use Minion Pro in my presentations.

GNUmakefile: use a separate build directory

This is mainly to support a preview workflow with zathura, which likes
to crash or go blank or lose your position in the document during
renames. But it's also just nicer, and will probably keep e.g. atril
from flickering as well.

COPYING,LICENSE: add them (AGPL-3.0+)

mjo-algebra.tex: fix glossary sorting of \variety

mjo-algebra.tex,examples.tex: add the \variety command

mjo-linear_algebra: add \GL command for general linear groups.

mjo-algebra: add \Stab command for stabilizer subgroups.

mjo-eja.tex: add \quadrepr and \leftmult.

mjo-eja.tex: add the Jordan-automorphism group operator, \JAut{}.

mjo-common: add \tuple.

mjo-cone.tex: add the strictly positive orthant, \Rnplusplus.

mjo-set.tex: consistent whitespace in \setc{}.

examples.tex: fix algorithm \Return usage.

GNUmakefile: drop obsolete --memlimit argument to sage -t.

mjo-hurwitz.tex: new file for Hurwitz algebras (quaternions and octonions).

mjo-linear_algebra.tex: add \rref{} macro.

Add \zero{R} for the additive identity element in R.

mjo-common: add \Fn for generic fields.

mjo-linear_algebra.tex: update a comment before abusing notation.

I'm about to use \Hn to denote the Hermitian matrices over a general,
specified field. So first let's document that.

GNUmakefile: change a non-POSIX "echo -n" to printf.

GNUmakefile: simplify recursive logic and eliminate a "pdflatex" call.

In the recursive $(MAKE), the sub-$(MAKE) can succeed and then
subsequently delete its "previous" file. When that returns control to
the parent $(MAKE), the parent will try to diff the (now missing)
"previous" file against the latest one, which of course fails. This
leads to an extra build of the same, current, not-gonna-change PDF.

A slight change in the logic both simplifies things and eliminates
that extra rebuild. Thanks to Wojtek Kosior who pointed out the bug in
an email.

GNUmakefile: use SOURCE_DATE_EPOCH=0 instead of "sed" to prevent rebuilds.

mjo-linear_algebra.tex: add \diag{} to build diagonal matrices.

GNUmakefile: don't repeat BIBPATHS and MJOTEXPATHS in "make dist".

The variables $BIBPATHS and $MJOTEXPATHS are already appended to $SRCS
when needed, and $SRCS is handled by "make dist."

mjo-listing.tex: implement \sagelisting with \newtcbinputlisting.

mjo-listing.tex: put a \baseline skip above and below sage listings.

examples.tex: fix existing chktex problems.

GNUmakefile: make check-chktex output errors.

Add \unit{} for the multiplicative identity element.

Technically we could pass off \identity{X} as the multiplicative
identity element in an algebraic structure, by using the "arrow"
interpretation in the right category. But let's not try to shoot
ourselves in the foot too hard, yeah?

mjo-algebra: add glossary entry for \polyring.

mjo-common: add \lcm{} for the least common multiple.

GNUmakefile: ensure the indices are rebuilt when the document changes.

mjo-linear_algebra: add the \spectrum{} of a linear operator.

New \restrict macro to restrict a function to a subset of its domain.

TODO: remove it, all done for now.

mjo-algebra: adopt \directsum and its variants from mjo-common.

mjo-cone: pull in mjo-linear_algebra for \Sn and \Hn.

mjo-*: add comments where mjo-common is used for \of.

mjo-set: adopt \set and \setc from mjo-common.

mjo-set: adopt basic set operations from mjo-common.

mjo-set: adopt \powerset{} from mjo-common.

mjo-misc: rename to mjo-set.

mjo-common: move \Sn and \Hn into mjo-linear_algebra.

mjo-common: prevent \Sn[1] and \Hn[1] from dropping their superscripts.

This was a TODO item for a while; a standalone "S" or "H" doesn't have
the same meaning as, say, a standalone \mathbb{R} does. The "n"
doesn't indicate the arity of a Cartesian product, so for example S^2
isn't two copies of S^1. Dropping the superscript was therefore
misleading (and nonstandard notation).

GNUmakefile: remove inappropriate PYTHONPATH mangling.

This isn't needed here; it was copy/pasted from one of my publication
repositories where it is.

mjo-common: utilize \mathpzc to finally define \powerset{}.

mjo-font: add new \mathpzc (PostScript Zapf Chancery) font face.

mjo-linear_algebra: add the \rank{} of a matrix (or EJA, or...).

mjo-algebra: add missing mjo-common include, and two glossary entries.

mjo-algebra: add \alg{} for the subalgebra generated by a set.

mjo-algebra: add the \ideal{} generated by a set.

mjo-common: add higher tuples, up to septuple.

mjo-arrow: add the constant function \const.

mjo.bst: allow hbadness up to 2500, since I have an example of 2302.

mjo.bst: allow for hbadness 2000 in the bibliography.

It's OK if the bibliography looks a bit wonky. There's nothing you can
do about it, and we don't want the hbox warnings to hide real problems.

mjo-proof_by_cases.tex: indent the cases and use italics for "Case N".

This is an aesthetic choice that will probably change every time I
write a paper that uses this environment. In my current endeavor, I
think having the cases indented is necessary to separate them from the
rest of the document (to show that they're still part of the current
theorem/proof). Moreover the use of italics keeps the reader from
lumping the "Case N" in with the stream of bold Definitions,
Propositions, Theorems, and Examples surrounding them.

I've checked that this change isn't fatal to either my thesis
(double-spaced) or my polyhedral positive operators paper.

GNUmakefile: fix blank line handling in SageMath listings.

GNUmakefile: update a bug reference in a comment.

.chktexrc: add some common entries.

GNUmakefile: oops, fix the index generation again.

GNUmakefile: fix rebuild loop caused by idx file regeneration.

GNUmakefile: update the cleanup rules.

GNUmakefile: add some documentation for the INDICES variable.

Enable a bibliography by default.

Add index support.

GNUmakefile: tweak that last commit to use the DSTS instead of SRCS.

GNUmakefile: rebuild if a sage listing is modified.

Begin adding glossary entries, and display them in the example PDF.

Add another TODO item that I just noticed.

Put \ifx guards on most other package includes, too.

We shouldn't be trying to load "amsopn" ten times, for example. But
testing whether or not a package is loaded is tricky. First, I tried
the \@ifpackageloaded macro: that causes problems with some of my
existing documents, and the "spacefactor" error that results is
apparently a FAQ. But I don't know what to do about it.

The other way to test if a package is loaded is by checking for some
(unique?) macro that it defines. That's what I've guessed at here.  It
works in most cases, like when we want \operatorname from "amsopn."
But, some packages also didn't have something obvious to check for, so
coverage isn't 100%.

Replace all uses of \providecommand with \newcommand.

We generally want to know if some of our macros aren't being used. But
before introducing the \ifx guards on file includes, we were forced to
use \providecommand in e.g. mjo-common.tex, since it gets included
more than once. Now that we have the guards, change all
\providecommands to \newcommands.

Wrap all mjotex files in conditionals to prevent double-loading.

I plan to start putting glossary entries in mjo-common, and that
reveals a problem: some files (i.e. mjo-common.tex) get loaded more
than once. And there's not always a way to ignore the duplicate
definitions. So, finally, after avoiding it for as long as possible,
I've wrapped everything in "ifx" tests that check the value of a
macro I define (just like #ifdef HAVE_FOO in C).

The \ifx test was chosen over of \ifdefined (which is an e-TeX
primitive) because it makes the conditional simpler; we don't need to
have an empty "if" block. Of course, testing against \undefined only
works if \undefined is... undefined. But theoretically someone could
probably redefine \ifdefined, too. Whatever. I can change it if it
ever causes a problem.

mjo-eja.tex: new file for Euclidean Jordan algebras.

mjo-algebra.tex: describe the file in a comment at the top.

GNUmakefile: add a comment showing how to define $(PN) cleverly.

Add the \sagelisting macro and associated machinery.

Add mjo-algebra.tex with \polyring and \Frac commands.

Add mjo-calculus.tex for the gradient.

mjo-convex: add \faceof and \properfaceof.

mjo-theorem{,-star}.tex: add the "exercise" environment.

mjo-complex.tex: new file with a \compconj (complex conjugate) command.

mjo-linear_algebra.tex: use \transpose in the definition of \colvec.

mjo-common.tex: fix typo in comment.

Add the four types of standard real intervals.

GNUmakefile: fix the "check-chktex" target.

examples.tex: mention the new Moore-Penrose \pseudoinverse.

Use C99-style left-aligned double front-slashes for algorithm comments.

mjo-linear_algebra.tex: add the Moore-Penrose \pseudoinverse.

Add \Hn for the space of complex Hermitian n-by-n matrices.

Use "big" versions of operators in \binopmany consumers.

Add \cartprodmany and \directsummany to mjo-common.

Add S^{n}, the space of symmetric n-by-n matrices.

Add undefined reference and over/underfull box checks to the makefile.

Remove some unnecessary spaces (chktex warnings).

Add \directsumthree to mjo-common.