Remove references to my unfinished paper.

Implement Z-operators in terms of cross-positive ones.

Add a test for my construction of LL(pi(K,H)).

Begin working on a two-cone pi(K1,K2).

Add LL_cone() convenience function.

Change "Z-transformation" to "Z-operator".

Add a comment to is_lyapunov_like().

Only check=False when K is proper (can't prove it otherwise).

Remove the motzkin_decomposition() method, now Trac #19867.

Add a note about the nonstandard name "Motzkin decomposition."

Add tests for the dual/adjoint relationship of pi/Z.

Add tests for permutation/conjugation of cones/transformations.

Clean up some notation in tests.

Add tests for the dimension of the Z-transformation cone.

Add some more Z_transformation_gens examples.

Don't check the cones constructed in motzkin_decomposition().

Add another test for motzkin_decomposition().

Don't check the pi/Z cone for when K is solid or pointed.

Use check=False when constructing pi/Z cones.

Use max_ambient_dim=4 for the pi/Z stuff, things get too slow at n=5.

Give an example where check=True is necessary for the pi/Z cones.

Remove some unused junk from the top of rearrangement.py.

Add some lineality examples, remove one dimension one covered elsewhere.

Add more examples for the positive operators.

Add tests for Corollary 2 in the paper (lineality of pi-star).

Test the lineality space of the dual of the cone of positive operators.

Add more positive operator examples from the paper.

Remove the cone tests since they all belong to one paper (now in that repo).

Add some Proposition 3 tests for positive operators.

More minor tweaks to motzkin_decomposition().

More minor cleanup of motzkin_decomposition().

Cite Stoer & Witzgall for the Motzkin decomposition.

Remove random_element() for sage and start cleanup on motzkin_decomposition().

Rename pointed_decomposition() to motzkin_decomposition().

Add a description for the pointed_decomposition() doctest.

Very rough first implementation of pointed_decomposition().

More examples and a better implementation for random_element().

Remove whitespace around keyword arguments.

Don't import the nonexistent mjo.plot.

Fix a deprecated doctest.

Remove the 'symbolic' module, there's no real use for it anymore.

Add a test for the lineality spaces of Z/pi-star being equal.

Add a test for K.is_proper() <==> pi(K).is_proper().

Rename solid_quotient() to solid_restriction().

Add restrict_to_subspace function and use it to test the sage lyapunov_rank().

Add another test for the lineality space of Z(K) being LL(K).

Remove mjo/plot.py, merged in http://trac.sagemath.org/ticket/19485.

Add a test for the lineality of the cone of positive operators.

Add missing set_random_seed() to tests and fix my corollary.

Play around with positive operators and Z-transformations. Add a new test.

Clean up some imports and fix another test failure.

Fix deprecated zero_element().

Remove lyapunov_rank() for inclusion in Sage.

Cleanup on _restrict_to_space() tests and documentation.

Remove _basically_the_same from cone.py.

Move basically_the_same() into tests.py and call it _look_isomorphic().

Begin cleaning up lyapunov_rank().

Rename LL() to lyapunov_like_basis().

Update some tests still using LL(K).

Fix doctest in permutation_invariant.py.

Fix Z_transformations() implementation and tests.

Add Z_transformations() function.

Simplify implementation of positive_operators().

Remove function LL() for Sage proper.

Remove the discrete_complementarity_set() function (into Sage proper).

Add the positive_operators() function.

Shorten the docstring for LL(K).

Add the cone.permutation_invariant module.

Add the has_rearrangement_property() function for vectors.

Add the random_element() function for cones.

Add remaining examples/tests for rearrangement_cone.

Rearrange some import statements.

Add examples for the is_lyapunov_like() function.

Update usage of matrix_simplify_full (now part of Sage).

Remove matrix_simplify_full(), this was merged in trac #12162.

Remove matrix_subs_expr() now that subs() absorbed its features.

Add the is_lyapunov_like() function to the cone.cone module.

Begin work on the rearrangement cone.

Replace _rho with _restrict_to_space in cone/tests.py.

Update discrete_complementarity_set() docs.

Rename _rho to _restrict_to_space and make it work on subspaces instead.

Slightly simplify LL() code.

Update some comments for lyapunov_rank().

Move some excessive tests into a new module, cone.tests.

Update max_ambient_dim parameter name for random_cone().

Update docs for cone.discrete_complementarity_set().

mjo/interpolation.py: fix typo.

Make basically_the_same() and rho() functions private.
Add examples/tests for basically_the_same().
Add linear isomorphism test for lyapunov_rank().

Add a new test for a theorem in the improper paper.

Remove the lineality() and codim() functions (now depends on branch u/mjo/ticket/18701).

Finish test cleanup, notation updates, and dead code removal.

Revert "Remove unused codim() function."

This reverts commit 4418c497a443fb1f5cb068ced5a2ddd5a9a0ad05.

In the middle of mangling things.

Aaaand the test that was using that "unused" function.

Remove unused unrestrict_span() function.

Remove unused codim() function.

Add back the drop_dependent() function.

It turns out that it doesn't matter if our basis is orthogonal, so we
don't need to do Gram-Schmidt. Since this will be relied upon in the
paper, we go back to using (a subset of) the rays of the cone as our
basis.

Begin to clear up the mysteries of why the restriction doesn't work.

Everything's still a mess, but at least the tests are passing. No more
do we check for exact equality between K_W and K_star_W_star; instead
we just check that many properties agree. In the paper we have an
isomorphism, and equality holds. However, my isomorphism isn't an
isomorphism when using a coordinate system -- and we have to use a
non-normal one in Sage because we can't normalize vectors over
QQ. Huh.

Use built-in Gram-Schmidt to make things a little better.

Commit a big fucking mess while I refactor the span restriction.