mjo/eja/eja_operator.py: randomize the permuted factors test

mjo/eja/eja_operator.py: add some "long time" labels

mjo/eja/eja_operator.py: fix test when spin algebra is trivial

mjo/eja/eja_operator.py: permutation test for is_isomorphism()

mjo/eja/eja_operator.py: improved is_isomorphism() tests

For random testing we can use rationals; but only certain small
examples complete fast enough over the algebraics.

mjo/eja/eja_operator.py: add complex hermitian EJA tests for is_isomorphism()

mjo/eja/eja_operator.py: speed up is_isometry() and is_homomorphism()

Both of these are symmetric, so we can skip about half of the checks.

mjo/eja/eja_operator.py: simplify an is_isomorphism() test

mjo/eja/eja_operator.py: is_isomorphism() tests for the two easiest EJAs

mjo/matrix_algebra.py: move a comment

mjo/eja/eja_operator.py: add is_isomorphism() for operators

mjo/eja/eja_operator.py: add is_homomorphism() for operators

mjo/eja/eja_operator.py: add a comment about something non-obvious

mjo/eja/eja_operator.py: add is_isometry() method

makefile: bypass the "sage" script when testing

mjo/hurwitz.py: quaternion gens are a tuple now

mjo/**/*.py: update table rendering

Sage's tables are rendered using unicode characters for the borders
now.

mjo/eja/eja_algebra.py: block-scoped "long time" tags

mjo/eja/eja_subalgebra.py: block-scoped "long time" tags

mjo/eja/eja_element.py: block-scoped "long time" tags

mjo/cone/symmetric_psd.py: don't import from sage.all

mjo/cone/symmetric_pd.py: don't import from sage.all

mjo/cone/cone.py: remove

I don't feel like documenting these properly, and they aren't used
anywhere else.

mjo/cone/permutation_invariant.py: don't import from sage.all

mjo/cone/doubly_nonnegative.py: don't import from sage.all

mjo/cone/cone.py: don't import from sage.all

mjo/cone/completely_positive.py: don't import from sage.all

mjo/cone/faces.py: don't import from sage.all

mjo/symbol_sequence.py: don't import from sage.all

mjo/polynomial.py: don't import from sage.all

mjo/orthogonal_polynomials.py: don't import from sage.all

mjo/basis_repr.py: don't import from sage.all

mjo/interpolation.py: don't import sage.all in global scope

mjo/misc.py: don't import sage.all

mjo/basis_repr.py: replace deprecated is_MatrixSpace()

mjo/eja/eja_utils.py: replace deprecated is_Matrix()

mjo/cone/faces.py: add another reducibility test

mjo/cone/faces.py: use simpler dual face formula

mjo/cone/permutation_invariant.py: use cones.foo() from sage

README: rewrite it, it was rather out-of-date

makefile: timeout overrides should no longer be necessary

mjo/cone/rearrangement.py: bye, use sage's cones.rearrangement() instead

mjo/cone/trivial_cone.py: bye, use sage's cones.trivial() instead

mjo/cone/nonnegative_orthant.py: bye, use cones.nonnegative_orthant() instead

mjo/cone/schur.py: bye, use sage's cones.schur() instead

COPYING,LICENSE: add (AGPL-3.0+)

eja: rename operator_inner_product -> operator_trace inner_product.

...and add an operator_trace_norm() method, for elements. It would
have been weird to have it called operator_norm(), wouldn't it?

TODO: add another one.

eja: add another test case for the Albert EJA determinant.

eja: drop "FiniteDimensional" prefix everywhere.

eja: special subalgebra handling for Cartesian product EJAs.

The matrix representation of an element in a Cartesian product EJA
will be an ordered tupe of matrices. When we move into a subalgebra,
the same element (considered as an element of the subalgebra) no
longer lives in a "Cartesian product EJA," since we give the
subalgebra its own basis. However, if we ever want to convert back,
then we need to know that the element originally came from a Cartesian
product EJA, because scalar fucking scaling doesn't fucking work on
ordered pairs!

TODO: drop "FiniteDimensional" everywhere.

eja: don't pointlessly orthonormalize in subalgebra_idempotent().

mjo/random.py: new module for random_unitary_matrix().

eja: write the ALGORITHM block for the degree of an element.

eja: add the trace (matrix) operator inner product.

eja: drop a superfluous semicolon.

eja: use QQ for another potentially slow doctest.

eja: remove an "expected algebra failure" that now somehow passes.

hurwitz.py: speed up conjugate() and conjugate_transpose().

...by staying as close to the underlying monomial dict as possible.

mjo/hurwitz.py: speed up is_hermitian() and is_skew_symmetric().

We only need to test these above and on the diagonal.

matrix_algebra.py: speed up __getitem__() and trace().

eja: use orthonormalize=False for all subalgebra_generated_by() tests.

Orthonormalizing a high-degree element over AA takes roughly forever.
Better that we test *something* than the nothing that gets tested if
I Ctrl-C the process.

eja: change a misleading comment.

eja: fix parent of empty sum in element inverse().

eja: add an "r" to a docstring.

eja: mention the new EJA in the docs.

eja: add more "# long time" markers.

eja: add "# long time" to two potentially slow tests.

eja: test the nonnegativity of trace() for squares.

eja: revert random_element() to old fast behavior.

eja: typo fix in TODO.

eja: fix a copy/paste error in the docs.

eja: cache one() for the new EJA.

eja: use the correct definition for the new algebra.

hurwitz.py: swap is_sker_hermitian() for is_skew_symmetric().

It turns out I've been working with the wrong concept for the past two
days. Welp.

eja: begin work on the ComplexSkewHermitianEJA.

hurwitz.py: add conjugate() method for matrices.

hurwitz.py: add is_skew_hermitian() method.

eja: rename MatrixEJA to HermitianMatrixEJA.

There are also algebras of skew-Hermitian matrices, so the name was
not great.

mjo/**/*.py: drop obsolete set_random_seed().

We use a random random seed by default now finally.

makefile: drop obsolete --memlimit flag to sage -t.

mjo/cone: drop is_symmetric_p{s,}d() methods.

These are now redundant since the sage is_positive_definite() and
is_positive_semidefinite() methods exist and work on inexact rings.

eja: factor out the operator polynomial-matrix construction.

mjo/cone/symmetric_pd.py: add a missing set_random_seed().

mjo/cone/symmetric_pd.py: drop inverse_symmetric_pd().

This function is now available in SageMath:

  sage: A = matrix.identity(QQ,2)
  sage: A.inverse_positive_definite()
  [1 0]
  [0 1]

eja: update the DESIGN doc.

eja: further micro-optimize gram_schmidt().

eja: try to speed up gram_schmidt(), but all my sages are broken.

eja: remove unused variable in gram_schmidt.

eja: renumber coordinate variables from zero.

eja: add more TODOs, which are thankfully getting easier.

eja: speed up det() for Cartesian product elements.

eja: add another TODO item.

eja: append to an existing TODO.

eja: fix cartesian_factors() for EJA elements.

eja: drop obsolete _vec2mat and _mat2vec helpers.

eja: remove unused import.

eja: remove redundant kwargs mangling from MatrixEJA subclasses.

eja: don't allow creation of invalid RationalBasisEJAs.

Prior to this, a Cartesian product taken in the "wrong order" could
result in a subclass of RationalBasisEJA that did not actually have
a corresponding rational algebra.